针对有媒体报道称D12次列车晚点是由于制动系统出现了问题，并对动车组列车运行的安全可靠性提出质疑，王勇平代表铁道部澄清称，列车出现晚点主要缘于动车组司机对列车特有的自动保护装置使用不够熟练，处置不够得当。列车中途突然停车并不是发生了危及列车安全方面的故障，更不是制动系统失灵，而是动车组控制系统保证运行安全的自动保护装置在发挥作用。

　　王勇平解释说，动车组自动保护装置是一个严密复杂的系统，列车运行中无论是线路、供电、信号以及动车组的任何一个系统，或各系统之间的接合部出现不匹配的问题，都会采取自动保护措施，出现停车现象，从而造成晚点，“北京至沈阳北的D11/12次出现的晚点现象，就是上述原因造成的”。

　　王勇平表示，经过一段时间的运行磨合，动车组列车的正点率会得到提高。